A bonobók szabadon már csak a Kongó-medencében, a Kongói Demokratikus Köztársaságban élnek, azon belül is főként a 36 ezer négyzetkilométeres Salonga Nemzeti Parkban. Az elmúlt két évtizedben létszámuk az orvvadászat eredményeként mintegy negyedére (kb. tízezer egyedre) csökkent. Állatkertben is keveset tartanak. A nőstények körülbelül 9 éves korukban, amikor ivaréretté válnak, elhagyják családjukat, és új csapatba költöznek: így elkerülik a vérfertőzést és növelik a faj genetikai diverzitását. Napjainkban a Kongó-medence bonobói olyan kevesen maradtak, hogy egymástól teljesen elkülönült közösségekben élnek, és ez már a faj fennmaradását veszélyezteti.