A 20. század elejéhez képest a pápaszemes pingvinek összállománya az akkori 10%-ára esett vissza. Pusztulásának oka elsősorban ízletes tojásainak tömeges gyűjtése volt, illetve az, hogy a nagy mennyiségben keletkező guano megszerzése érdekében az emberek zaklatták a telepeket. Jelenleg az olajszennyezés és az ipari méretű halászat fenyegeti Afrika egyetlen pingvinfaját, amely a CITES II. függelékében szerepel, a Természetvédelmi Világszövetség pedig sebezhetőnek minősíti. Jelenleg 27 kolóniában kb. 56 000 szülőpárról, és összesen mintegy 179 000 példányról tudunk, köszönhetően annak, hogy az utóbbi évtizedben lassú növekedés indult meg az állomány látszámában. A pápaszemes pingvin számos állatkertben megtalálható, és sok helyen jól szaporodik.